Numerar não é enfeite, é referência
Peça que remete a fls. 42 precisa que a folha 42 exista e seja a certa. Documento remetido sem paginação obriga o servidor do outro lado a numerar, e o número que ele atribuir pode não coincidir com o que a sua petição citou.
Por isso vale numerar antes de protocolar sempre que a peça faça remissões internas, e conferir se os números citados no texto batem com a paginação final do arquivo.
Continuar a numeração de outro volume
Processo volumoso costuma ser protocolado em partes, e cada parte precisa continuar a contagem da anterior, não recomeçar do um. O campo de número inicial existe para isso: se o volume anterior terminou na folha 340, comece este em 341.
A opção de não numerar a primeira página serve para peça com folha de rosto ou capa, que por convenção entra sem número, ainda que conte na sequência.
Quando o documento já vem numerado
Se o PDF já traz numeração impressa, seja do órgão de origem, seja de uma digitalização anterior, o número novo é gravado por cima e os dois convivem na mesma página. O resultado é ambíguo e costuma gerar confusão na remissão.
Nesse caso, escolha uma posição da página que esteja livre no documento original, ou verifique se a numeração existente já serve. E, sempre, abra o arquivo gerado e confira algumas páginas antes de protocolar.
O que esta ferramenta não faz
Não faz reconhecimento de texto e não detecta numeração já existente no documento: o número novo é gravado por cima. Não aceita texto livre ou carimbo personalizado nesta versão. Não assina digitalmente, e numerar um documento assinado invalida a assinatura. Não protocola por você. E não substitui a conferência final: abra o arquivo e confira a paginação antes de protocolar.